Au 12e siècle, un couvent de Dominicains comportant une église occupait une partie des allées de Tourny. Louis XIV fit raser tout le quartier pour dégager les abords du château Trompette. En 1683, les Jacobins achetèrent un terrain. La construction débuta en 1684 sur les plans établis par Pierre Duplessy-Michel. En 1693, à la mort de Duplessy, les travaux sont repris par l'architecte Mérisson. La construction de l'édifice est achevée sans doute en 1707. Le décor de la façade fut peut-être confié à la famille Berquin qui travaillait pour les Jacobins sur d'autres projets. Pendant la Révolution, l'église servit à des réunions puis devint temple de la Raison et temple de l'Etre suprême. Elle fut rendue au culte après la Révolution. En 1866, la façade fut restaurée et ses décors repris par le sculpteur Capian. De 1834 à 1836, murs et voûte de l'abside, tout ou partie de la voûte de la nef, des arcades et sans doute des chapelles furent peints par Cicéri et Gigun ou Gigun et Waflard. De nouvelles peintures furent réalisées sur la voûte de l'abside en 1873 par Romain Cazes. Le même artiste acheva les peintures du mur de l'abside en 1874.
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