Édifiée par Tourny, la porte de Bourgogne en a remplacée une du Moyen Age, Le "Portau" des Salinières qui s'ouvrait dans l'enceinte du 14e siècle, à l'extrémité des fossés et faisait communiquer le quartier commerçant de la Rousselle avec la rivière et le port des Salinières. Au 18e siècle, lorsque les fossés furent comblés et devinrent l'une des voies principales de la ville, Tourny remplaça le portau par une porte monumentale ouverte au centre de la façade qu'il créait sur la rivière et qui ne fut jamais achevée. La construction de la porte fut commencée en 1751. En 1752-1753, de nombreux immeubles furent démolis pour permettre la création des deux places, intérieure et extérieure, qui devaient accompagner la porte. Les travaux furent achevés au milieu de 1755. Le décor sculpté du monument consistait en une sphère ailée portant les trois fleurs de lis de France et la couronne royale, maintenue par un triton et une Néréide soufflant dans leurs conques et deux trophées. Le départ de Tourny laissa cette partie inachevée. En 1804, le conseil municipal décida de transformer la porte en arc triomphal à la gloire de Napoléon. Le projet consistait en un aigle emportant dans les airs un buste colossal de l'empereur posé sur l'entablement, en lions surmontant les guichets et en deux bas-reliefs décorant l'attique. Le projet fut adopté par la ville, mais le sculpteur Pierre Chinard utilisa sa maquette pour un arc de triomphe érigé à Lyon. La porte fut restaurée en 1858 par l'architecte Charles Burguet.
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