Au 8e siècle, après avoir pris l'habit dans un monastère de l'ordre de Saint-Benoît en Saintonge, Emilian se retira dans une forêt pour y vivre dans la seule contemplation de Dieu. Un rocher servit de retraite à l'ermite. Puis il construisit un oratoire qui devint, sans doute, la vaste église souterraine qui existe aujourd'hui, terminée à l'époque romane. L'église monolithe servit pendant longtemps aux moines de lieu de sépulture. Les parois de l'église et celles de la crypte renferment un grand nombre de tombeaux. Vers le milieu du 9e siècle, le monastère dut être ravagé par les Normands. En 1080, l'archevêque de Bordeaux le fit entrer sous son autorité et le pourvut à nouveau de religieux. En 1110, la vie monastique s'étant relâchée, l'archevêque de Bordeaux réforma le monastère avec l'autorisation du pape et le plaça sous la règle de Saint-Augustin. C'est sans doute à cette époque qu'au-dessus de l'église souterraine et à peu de distance de l'église actuelle, fut élevée une tour qui servit plus tard de base au clocher gothique. Au début du 14e siècle, les chanoines furent relevés de la vie monastique et sécularisés par le pape Clément V qui érigea la communauté en chapitre. A cette époque, l'église collégiale fut développée et l'église monolithe fut percée de fenêtres gothiques et d'un portail. Au 16e siècle, le clocher reçut une flèche. Fragilisé, les baies du rez-de-chaussée furent bouchées et la base fortifiée par un contrefort.
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