La paroisse et l'église de Pujols apparaissent dans les textes entre la fin du 12e et le début du 13e Siècles. Cette église, d'abord dédiée à Notre-Dame, est construite au pied de l'éperon rocheux du château, à l'écart du bourg, sur une plateforme qui domine la vallée de la Dordogne. Elle a fait l'objet de nombreux remaniements. L'abside, voûtée en cul de four, appartient à l'état le plus ancien, un roman tardif de la fin du 13e Siècle. Le chœur, voûté en berceau brisé, est éclairé par des fenêtres en arc brisé. La nef unique, composée de quatre travées voûtées d'ogives, est construite au 16e Siècle, ainsi que la façade, la chapelle sud et l'entrée sud. Une inscription sur le contrefort sud confirme la fin des travaux en 1550. Les seigneurs des fiefs situés dans la paroisse ont droit de banc et de sépultures dans l'église jusqu'en 1736, mais celles-ci ont complétement disparu. Au 19e Siècle, un important déversement des murs nord et sud oblige à une campagne de restauration, vers 1882, qui entraîne la réfection des arcs doubleaux, la reconstruction du sommet de l'abside et la pose des tirants de fer.
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